D. Teodoro de Faria foi nomeado Vice-Reitor do Pontifício Colégio Português em Roma, em 1966, e depois Reitor do Pontifício Colégio e da Igreja de Santo António dos Portugueses. Como membro da União Apostólica do Clero e do Centro de Sindonologia proferiu conferências, retiros e cursos em diversas partes do mundo. Foi representante de Portugal em Roma nos Secretariados para o Ecumenismo, Emigração, Turismo e Peregrinações. Foi Secretário do Senhor Cardeal Patriarca de Lisboa, D. António Ribeiro, nos conclaves que elegeram os Papas João Paulo I e João Paulo II. Foi Eleito Bispo do Funchal pelo Papa João Paulo II, tendo sido ordenado em Roma a 16 de maio de 1982 na Igreja de Santo António dos Portugueses. Tomou posse da Diocese no dia 30 de maio do mesmo ano. Foi nomeado em 1986 Presidente da Comissão Episcopal Portuguesa para as Migrações e Turismo. Em 1988 foi eleito membro da Comissão Pontifícia para os Migrantes e Itinerantes, tendo participado em Roma em diversos Congressos. Foi representante da Conferência Episcopal Portuguesa na COMECE (Commission des Episcopats de la Communauté Européenne)