A Diocese de Aveiro, sufragânea da Arquidiocese de Braga, foi criada pelo papa Clemente XIV, mediante o breve Militantis Ecclesiae gubernacula, de 12-04-1774, a pedido do monarca D. José I, abrangendo uma área destacada do território da Diocese de Coimbra; em 24-03-1775 deu-se execução ao documento pontifício. O rei ficou com o direito de padroado. A catedral foi instalada na igreja da Misericórdia e, mais tarde, em 1830, na igreja que fora do extinto Recolhimento de São Bernardino. Nas suas primeiras seis décadas, teve apenas três bispos.

Em 01-04-1845, após alguns anos de certa confusão canónica no governo eclesiástico, o arcebispo de Braga foi também constituído no cargo de administrador apostólico da Diocese, para a qual nomeou sucessivamente vigários gerais ou governadores – o que aconteceu até à sua extinção pela bula do papa Leão XIII Gravissimum Christi Ecclesiam regendi et gubernandi munus, de 30-09-1881, executada em 04-09-1882.

Pela bula Omnium Ecclesiarum, de 24-08-1938, o papa Pio XI restaurou-a, dando-lhe novos limites, com oitenta e duas freguesias de dez concelhos, desmembrados das Dioceses de Coimbra (Águeda, Anadia, Aveiro, Ílhavo, Oliveira do Bairro e Vagos), do Porto (Albergaria-a-Velha, Estarreja e Murtosa) e de Viseu (Sever do Vouga); foi então elevada a catedral a secular igreja do extinto Convento de São Domingos e matriz da Paróquia de Nossa Senhora da Glória. A sentença executória da restauração deu-se em 11-12-1938.